2003 leitete der Erzbischof von Berlin, Georg Kardinal Sterzinsky, umfangreiche Maßnahmen zur wirtschaftlichen Sanierung des Erzbistums Berlin ein. Auch die Kirchengemeinden waren davon betroffen. Eine Folge war, dass der Kirchengemeinde Herz Jesu in Berlin-Charlottenburg für die finanzielle Vergütung von Personal dauerhaft jährlich nur noch etwa 10.000,00 Euro vom Erzbischöflichen Ordinariat Berlin zur Verfügung gestellt wurden. In dieser Situation suchte der Kirchenvorstand der katholischen Kirchengemeinde Herz Jesu in Berlin-Charlottenburg nach Wegen, nicht nur die Ausgaben zu reduzieren, sondern auch im Bereich der Einnahmen Verbesserungen zu erzielen.
Zunächst musste in mehreren Schritten Personal abgebaut werden. Vieles von dem, was früher bezahlt wurde, musste nun – wie die Tätigkeit der Küster – ohne Bezahlung geleistet werden. Anstellungsverhältnisse wurden reduziert – etwa im Bereich des Pfarrsekretariats oder der Reinigung der Kirchen- und Gemeinderäume. Das alles war sehr schmerzhaft.
2007 beschloss der Kirchenvorstand auf Vorschlag von Kirchenvorstandsmitglied Michael Heinschke, eine Stiftung errichten zu wollen. Der Kirchenvorstand stellte dafür 99.000,00 Euro als Grundvermögen zur Verfügung. Mehr als drei Jahre lang wurde monatlich in den Sonntagsgottesdiensten der Kirchengemeinde für die Stiftung kollektiert. Damit wurde die Stiftung in der Gemeinde bekannt, gleichzeitig wurde das Vermögen vergrößert. 2012 erfolgte die offizielle Errichtung der Kirchenstiftung, 2013 die rechtliche Anerkennung durch die Senatsverwaltung für Justiz und Verbraucherschutz des Senats von Berlin. Seit 2014 darf die Stiftung aufgrund der Bescheide des zuständigen Finanzamts Bestätigungen für Zuwendungen ausstellen, die steuerlich von den Zuwendenden geltend gemacht werden können.
2014 wurde die Stiftung einer größeren Öffentlichkeit bekannt. Es fand ein Stiftungsfest zur Eröffnung der Stiftung mit etwa 80 geladenen Gästen statt – neben Gemeindegliedern nahmen daran auch Vertreter aus Politik. Gesellschaft und Kultur teil. Die Stiftung präsentierte eine Ausstellung des Diözesanarchivs Berlin zum Thema „Aus Verantwortung vor der Ewigkeit. Leben und Zeugnis des Seligen Bernhard Lichtenberg“ im Gemeindezentrum. Ferner wurde ein Faltblatt mit Informationen zur Stiftung und einem Spendenaufruf hergestellt und an mehr als 6.000 Haushalte im Charlottenburger Osten versandt.
In den ersten zehn Jahren nach Gründung der Stiftung wurden insgesamt 35.000,00 Euro für den Zweck der Stiftung zur Verfügung gestellt: Arbeit und Anliegen der Kirchengemeinde Herz Jesu in Berlin-Charlottenburg zu unterstützen. Dies begann 2015 mit der Förderung von Flüchtlingsarbeit des Malteser-Hilfsdiensts im Charlottenburger Osten und reichte bis zur Förderung ehrenamtlichen Engagements in der Kirchengemeinde Herz Jesu in Berlin-Charlottenburg 2022. Gleichzeitig wurde dafür Sorge getragen, dass das Stiftungsvermögen auf über 200.000,00 Euro mehr als verdoppelt wurde.
Mit der Aufhebung der Kirchengemeinde Herz Jesu in Berlin-Charlottenburg und der Errichtung der Katholischen Kirchengemeinde Pfarrei Märtyrer von Berlin durch den Erzbischof von Berlin Dr. Heiner Koch mit Wirkung vom 1. Januar 2023 trat diese in die Rechtsnachfolge jener ein.
Die Öffentlichkeitsarbeit vollzieht sich nun schwerpunktmäßig in der Katholischen Kirchengemeinde Pfarrei Märtyrer von Berlin in Berlin-Charlottenburg. Mehrfach im Jahr wird dort zu verschiedenen Anlässen über Aktivitäten der Stiftung berichtet. Tätigkeitsbericht und Jahresrechnung können jährlich ab 1. Juli zwei Wochen lang im Pfarrbüro, Alt-Lietzow 23, 10587 Berlin, eingesehen werden. Faltblätter mit Informationen zur Stiftung liegen im Vorraum der Pfarrkirche Herz Jesu, Alt-Lietzow 21, 10587 Berlin, und in den Filialkirchen St. Thomas von Aquin, Schillerstr. 102, 10625 Berlin, und St. Kamillus, Klausenerplatz 12/13, 14059 Berlin, zum Mitnehmen aus. Die Homepage der Stiftung existiert seit Gründung der Stiftung. Sie wurde zuletzt am 07. Mai 2023 aktualisiert.
Das operative Geschäft tätigt ein dreiköpfiger Stiftungsvorstand. Seit 2022 sind dies Michael Heinschke als Vorsitzender (seit 2013 im Vorstand, seit 2016 Vorsitzender), Andreas Mußinghoff als stellvertretender Vorsitzender (seit 2016 im Vorstand) und Hippolyte Tazo’o als weiteres Vorstandsmitglied. Davor haben im Vorstand gewirkt Christina Siewert (stellvertretende Vorsitzende 2016-2022), Thomas Voges (stellvertretender Vorsitzender 2013-2016), Oliver Winkelmann (2013), Dr. Bernd Wulffen (Vorsitzender 2013-2016).
Der Stiftungsrat berät, unterstützt und überwacht den Vorstand bei seiner Tätigkeit. Ihm gehören seit 2013 Dr. Michael Wild als Vorsitzender und Ulrike Feldhoff als stellvertretende Vorsitzende an, ferner Dieter Haas und Monika Venzke als weitere Ratsmitglieder ebenfalls seit 2013 sowie seit 2022 Georg Junger. Davor haben im Stiftungsrat gewirkt Joachim Hain (2013-2014), Andreas Mußinghoff (2014-2016) und Hippolyte Tazo’o (2016-2022).